當申請業者依JIS MARK標示申請認證審查作業流程，提出之申請書及品質管理狀況說明書等必要資料，經登錄認證機關書面審查合格後，登錄認證機關會書面通知預定之初次工廠審查及初次製品試驗日程，業者應儘速回覆確認。
JIS MARK標示申請認證審查作業流程：
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初次工廠審查：
1.進行品質管理實施狀況說明書內容之書面審查及實地進行確認工廠實施狀況(含原材料、製程設備、檢查設備、檢查方法、品質管理方法及為了確保品質所需要之生產技術條件等)。
2.審查基準含省令、認證方針及該製品之JIS規格。
3.品質管理體制基準則為省令及一般認證方針附屬書2的『品質管理體制的基準』。
4.ISO9001審查登錄結果之活用：
以品質管理體制的B基準申請時，可以活用於IAF(International Accreditation Forum)的MLA(Multilateral Recognition Arrangement)有署名的認定機關所認定之審查登錄機關的審查登錄報告。
初次製品試驗
製品試驗主要有三種方式及其組合：
1.於登錄認證機關的試驗所或登錄認證機關認可之符合JIS Q17025且登錄的外部試驗機關進行試驗。
2.於申請業者之試驗場所進行試驗，但所有之試驗方法仍須符合相關 JIS規定且必須有登錄認證機關的特定要員會同一起進行試驗。
3.可活用在第三者試驗機關或申請者之試驗場所進行試驗之數據，但其活用程序必須有所依據。
製品試驗之樣品
製品試驗之樣品是在業者會同下，由審查人員親自至成品儲存區或倉庫進行抽取樣品並登記記錄，慎重的審查人員有時也會在樣品上做記號並照相存證後，交由廠商製做試片後再會同一起進行試驗。
而擔任試驗之人員均需符合ISO/IEC17025要員訓練規定，所使用之試驗設備、量測儀器等也需經由合格校正廠商(實驗室)校正且須能夠追溯至國家或國際標準。所提出之各項校正報告證明，若具有TAF Logo則表示是經由台灣之財團法人全國認證基金會(Taiwan Accreditation Foundation)審查合格取得ISO/IEC17025登錄合格實驗室所核發之報告，在台灣之業者因產業屬性需求，有時也會發現有A2LA(美國)、NATA(澳洲)等國外機構之校正報告。
筆者過去多年來，因工作關係有機會參與日本品質保證機構(JQA)及建材試驗中心(JTCCM)等登錄認證機關來台進行JIS MARK初次工廠實地審查、製品試驗、定期審查及臨時審查工作等達20餘次，茲將JIS MARK實地審查時常見之缺失列舉如下供讀者參考。
JIS MARK認證審查時之一般缺失事例
1)經營方針：品質政策、品質目標並未依內部規定適時更新/內部規定品質目標須經品保委員會核定，卻無記錄可供確認！
2)責任‧權限‧職務：品質管理責任者對於部門間發生之問題並未進行協調整合/品質管理責任者及其部分職責雖有委任，但對於被委任人員之資格要件並未規定…等。
3)要員教育訓練：社內規格修訂後雖然對於相關人員有進行周知教育，但全面修訂或試驗項目追加時並未實施教育訓練/擔任製品試驗之試驗人員對於試驗基準、方法之理解度不足/擔任內部儀器校正人員之資格不符/品質管理責任者未實質性擔負起公司內部之品質管理及標準化教育訓練推行責任…等。
4)社內規格整理制訂：社內規格未依內部規定進行定期修訂/品質管理責任者及部分員工所持有之社內規格文件與內部最新版本不一致…等。
5)品質記錄管理：實際使用之品質記錄格式與文件內之規定不一致/雖然社內規定品質記錄須保管3年，但仍有部分記錄未滿3年就被廢棄/屬於目視檢驗項目既無標準也無執行記錄可查證…等。
6)外包管理：辦理製程委外手續時並未確認契約內容也未規範指定明確之規格/無法提供外包商之選定基準與記錄/也未對相關作業人員進行訓練查核…等。
7)客訴處理：處理客訴案件時之原因分析及對策實施之水平展開並不充分且未適切進行效果確認即認定結案/品質管理責任者並未參與…等。
8)資材管理：原材料未依社內基準進行進料檢驗/原材料進料檢驗項目與供應商提供之試驗報告內容不一致也未進行判定…等。
9)製品管理：未依社內規格所制定之程序進行JIS規格適合性承認/製品標示內容變更異動與認證契約書之管理綱要內容不一致…等。
10)製程管理：將關聯工廠所製造之產品採用自己工廠之交貨單進行出貨/部分之製程檢查記錄無法確認/JIS MARK尺寸大小與社內規格所制定之範圍不一致…等。
11)設備管理：社內試驗設備相關之管理基準與最新修訂之JIS規格所要求之試驗方法不一致！
12)其他：生產技術條件變更時並未依規定於事前提出報備申請，甚至於在定期認證維持審查時才彙整提出！
審查缺失通常分為A.B.C.三類
A.口頭注意：由廠商進行自主性改善，列入下次審查觀察事項。
B.輕微缺失：於審查後一個月內提出缺失改善報告，經審查人員認可OK後即可取得認證。
C.重大缺失：視情節狀況其處理要求不同，通常給予三個月的改善期，再重新審查。
若審查無缺失或缺失改善已獲得認可後，登錄認證機關即會與申請業者進行JIS MARK使用等相關規定之簽約，自合約簽訂日起，業者始可開始使用JIS MARK標示於其所申請之製品或包裝上。
JIS MARK標示方式
JIS MARK標示例子：標示在JIS標記旁邊的項目有
1.JIS 編號(因製品形狀或其他事項編號特定時可省略)
2.種類或等級(只限該JIS標示是被規定的情況)
3.登錄認證機關的名稱或略稱(與JIS標記為不可分之一體，在標記的下面或旁邊)
4.認證取得者之名稱或略號(及/或認證編號)
附帶事項：
1.JIS規定的標示事項
2.製造日期
3.製造業者名稱或略號
4.工廠或事業名稱或略號
JIS MARK 認證編號原則：
1.一般認證情況
JQ TW 13 001
1 2 3 4
2.編號意思及規則如下說明：
1：登錄認證機關的略稱
JQ：日本品質保證機構 TC：建材試驗中心… 等
2：日本國內或海外認證取得者所在地之國家代碼
TW：台灣 CN：中國 KR：韓國 VN：越南… 等
3：認證年度西元下2位
13：2013年度
4：每個所在地國家該年度的序號3位
001：表示該地國家該年度第一家通過認證
製品/包裝/容器/送貨單以外之標示
1. 型錄、名片等促銷用之印刷物之標示：
附有JIS MARK標記的情況，則必須要有認證製品或登錄認證機關的識別標示
2.工廠招牌、煙囪等之標示
JIS登錄認證機關協議會有制定基本的樣式，標示項目有：
JIS MARK及登錄認證機關名稱或略稱，此外還有記載於認證書上之認證編號、製品名稱、規格編號、認證區分等。
製品名等，須待各登錄認證機關的最終判斷之下，決定其標示內容。
JIS MARK的標示須謹慎使用!必須做到不要令人產生連認證範圍以外的項目都取得認證之誤解→由各登錄 認證機關來判斷！
取得JIS MARK標示之產品認證的意義及其效益如下：
1.由於JIS MARK認證之審查過程具備的專業性、嚴謹性、公正性等，長期以來在國際上已建立具高知名度的產品認證制度，業者取得JIS MARK標示認證後，不僅可以提升企業品牌形象與知名度，更是擴展日本市場的『有效通行證』，產品在國際市場上也更具有競爭力。
2.取得JIS MARK標示認證，除了表示該製品滿足JIS日本工業規格所規定之要求事項外，更可做為在企業間之交易或公共物質調節調動時之識別及信賴之指標，且能讓消費大眾也可依此標示而能安心購買！
3.此外，藉由認證準備過程更可達到改善及強化工廠生產環境，強化公司內部標準化體系，有效提升品質管理系統運作效益!並經由全員參與PDCA的管理改善循環，可強化員工對於問題的分析與解決能力！
參考資料：
JISマーク表示制度に関するブロックセミナー