在分析與診斷階段，顧問師常用的診斷方法可概分成經驗法、標竿比較法、專門知識法等。顧問師以長年在企業界從事經營管理工作所累積的診斷經驗為基礎的經驗法，搭配以產業龍頭廠商各項經營管理的關鍵績效指標（Key Performance Indicator）為基礎的標竿比較法，這兩種方法的交互應用可適用於經營管理功能所有領域的診斷。
在診斷工具方面，顧問師如果能在診斷作業時使用企業診斷項目表（Checklist），除了能提升診斷效率外，更能避免診斷遺漏現象。
在同一階段，有關企業經營基礎中經營策略的診斷，可以應用專門知識法，在診斷工具上，使用大家所熟悉的「SWOT分析」、「BCG矩陣分析」以及「價值鏈分析」等等方法；企業經營環境的診斷也可應用專門知識法，而診斷工具則可使用M．E．Porter的「五力分析」架構。
在企業診斷程序後期，針對企業問題點提出解決的方案所進行的方案評估分析，一般使用傳統數量分析法，傳統數量分析法又分成財務分析法、邊際分析法及統計分析法等。
例如，在經營管理功能對採購管理問題，所提出的對策與方案進行評估分析時，可使用傳統數量分析法中，統計分析法之固定批量法（Fixed Order Quantity）、經濟批量法（Economic Order Quantity）等方法。
有關經營管理功能對資材管理問題所提出的方案進行評估分析時，則可使用傳統數量分析法中，統計分析法的80／20法則—ABC分類等方法。
有關經營管理功能對行銷管理問題，所提出的對策與方案進行評估分析時，可使用傳統數量分析法中，邊際分析法之損益平衡點分析法；有關經營管理功能對財務管理問題，所提出的對策與方案進行評估分析時，則可使用傳統數量分析法中，財務分析法之百分率分析法及標準差異分析法。
最後，有關經營管理功能對資訊管理問題，所提出的對策與方案進行評估分析時，可使用管理情報系統分析法進行系統分析。
除了傳統數量分析法外，學者陳萬琪還提出近代數量分析法，包括決策樹法、線性規劃法、敏感性分析法、網路分析法、等候理論法、賽局理論法、模擬分析法等，惟受限於篇幅之故，無法一一敘述。