走在台灣鄉間，除了可以看到翠綠的農田之外，不時可以發現一棟棟類似工廠的鐵皮建築物，這其中有部分可能就是「未登記工廠」，也就是俗稱的「違章工廠」。這個現象可以回追到1970年代農業經濟時期，當時政府為了帶動農村經濟，倡導「客廳即工廠」運動，鼓勵家庭代工，擴大外銷，為臺灣帶來了經濟的興盛。但是，卻也導致眾多農業區與住宅區夾雜著工廠。再者，有些工業經辦者為了降低經營的成本，更是將工廠直接設置在農地上，或是在既有的合法工廠周邊農地上違規擴建，特別是經辦竣農地重劃之特定農業區，因每塊農地方正且接水臨路，造成有利設廠的條件，所以，特定農業區上未登記工廠的情形尤為嚴重。
根據統計資料推測【註】，國內未登記工廠的總數達6萬餘家，約佔國內工廠總數的41%，然而這些未登記工廠卻是各縣市政府的重要財源，也就是工廠所產生的稅賦即是地方稅收的支柱。所以政府對於未登記工廠的管理策略不外三種：(1)取締(2)就地合法(3)輔導遷廠。未登記工廠問題涉及的法規有包含了工廠管理輔導法、區域計畫法、都市計畫法等20餘種法規，想要就地合法難度頗高，而且，也必須考量環境保護、國土開發、農糧安全以及社會公平正義等問題，牽扯的問題範圍非常廣泛。而且一味的取締也不是解決問題的最佳手段，執行取締的人力也有所不足。而輔導遷廠對廠商來說又是重大投資，在目前不景氣的經濟環境中，有能力遷廠的廠商比例相對不多。於此，經濟部著手修訂「工廠管理輔導法」，於99年修法增訂第33、34條文，賦予中央主管機關擬訂相關措施輔導劃定特定地區與補辦臨時工廠登記，讓政府機關可以協助廠商暫時性的合法，並且納入管理，再慢慢的輔導廠商進一步的合法化，希望以此方法來解決此一問題。
從經營管理的角度來說，經營事業無非是想獲得最大的利益，但是業者卻常常忽略了隱藏的成本以及潛在的效益。選擇農地來經營工廠短期之內或許可以省下許多的費用，例如較為便宜的土地取得成本、選擇簡易的工廠設備、省略了消防設施、汙水廢棄物噪音也可以無所節制，還可以使用地下水來節省水費等等，諸多利益的引誘，使得廠商趨之若鶩。一旦選擇合法經營，那麼營運成本利及提高，多半是廠商所不樂見的。以土地面積1,000坪，廠房面積600坪，的工具機械設備組裝業為例，整理建廠成本如下表：
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假設年營業額1億元，員工人數50人，每年獲利10%，則建立一座符合相關法規之工廠，在不考慮現金未來值的情況下約需10年才可達到損益平衡，而在農地上建廠卻只需3.8年即可回本，營運的壓力及風險差距相當大，尤其若是在自有農地上建廠則成本更低。然而從企業長期經營的角度來看，成本並不應是唯一考量，企業的使命願景、社會價值、品牌經營、研發創新、行銷企劃、人才發展與培育、良好的財務規畫等等，都是一個企業經營所應考量之要項，在農地上經營應該只是過去時代背景或是創業初期才不得不使用的過渡性經營方式，就地合法也不應該是最佳的選擇方案。
目前，依據「工廠管理輔導法」第34條規定，允許設立於民國97年3月14日前之低汙染工廠來補辦臨時工廠登記，在兩階段審查通過後，可於106年6月2日前免除土地及建物相關法規的罰款，若再搭配申請劃定為特定地區，更可能有機會在未來可申請將工廠所在的農業用地變更為丁種建築用地，屆時將有機會可以申請正式的工廠登記，而非是現在所申請的「臨時工廠登記證」。申請的過程除了第一階段需要送出書面資料做初步審查之外，廠商也需要準備第二階段時所需要的環保各類許可、消防許可、合法水源証明、排水許可以及建築結構安全證明書等等，另外，也必須視情況判斷是否需進行水土保持計畫、實施環境營響評估以及取得特定行業的設廠許可等等，最後再繳納2~10萬元的回饋金即可。
雖然申請的程序看起來頗為繁雜，難度也頗高，但是在有機會合法的前提下，這依然是一條可行的路徑，目前常見申請臨時工廠登記的動機大約可列舉如下：
1. 永續經營：企業的營運目標並不是只能設定在獲取短期的利潤而已，若企業能用較為中長期的營運目標來訂定策略，通常能發現合法經營只是基本的門檻，企業的價值並非完全靠產品價格來決定，或許過去因政府政策、大環境影響或是工業用地不易取得等等因素，增加了公司合法經營的困難度，但是企業主還是願意促使工廠合法化，以免除工廠營運在法律上的風險。而且這類型的企業通常已經建構了一定數量的環保、消防等設備，合法化的過程中產生的衝擊相對較小，且企業配合政府政策辦理工廠登記的動機也較強烈。
2. 客戶稽核與認證：部分供應鏈的中心廠，尤其是國際性的大廠與提供品牌授權的客戶，對於其供應商會要求出具公司三證(公司執照、營利事業登記、工廠登記證)或是進行流程驗證及品質保證等稽核措施，此舉直接導致供應商或代工廠申請工廠登記的必要性。所以，以商業的壓力來促使工廠經營合法化亦是一種重要管道。
3. 遭受裁罰：部分廠商申請工廠補辦登記的重要動機是因為收到相關的罰單，如工廠管理輔導法、區域計畫法、建築法、消防法、農業法規、環保法規等等，都有法條可以針對土地不當使用或是工廠違規營運，處以少則數萬元，多到數十萬甚至上百萬的罰款，再加上可連續開罰，對廠商也會產生不小的營運壓力。除了罰款之外還可勒令斷水斷電或是強制拆除停工等，這都會讓廠商對於取得合法工廠登記產生強烈的需求。
4. 非本業操作：有些廠商希望能夠在既有的農地上取得臨時工廠登記，或是在未來能夠進行土地重劃的地方取得土地，之後等用地變更或重劃後再以工業用地的方式轉手，賺取其中的價差。由於農地的面積都具有一定規模，在加上工業用地的價值可能是農地的好幾倍，這中間價差扣除財務成本後可能都比經營本業的獲利來的高，這也使得廠商在有利可圖的心態之下願意來參與政府的政策。
整體來說，早年政府的政策以及近年來政府管制措施無法申張，廠商追求獲利甚至是投機心態等都是目前農地上工廠林立的原因，而遷廠的成本過高且合適的工業用地不易取得，以及僥倖心態跟政府輔導的誘因不足等因素，使得整個政策的推行還有需多可以努力的空間。未登記工廠的問題關係著國家經濟發展問題、國民生活以及就業、國土規劃、農糧安全以及社會公平正義等等議題，實在是需要更多專家、政府部門、民間組織、工廠業者以及社會大眾更多的心力投入，共同來解決這個台灣社會長年以來的難題。
註：依據行政院主計處民國90年工商普查，營運中的工廠總數約14萬5千餘家，另外依據經濟部89年工業統計調查，營運中已登記工廠家數約8萬4千家，依此推估未登記工廠約有6萬餘家。