申請業者通過初次工廠審查及初次製品試驗後，登錄認證機關會與申請業者締結認證契約，此後業者即可開始使用JIS MARK 標記，但業者須注意的是，當其與認證機關簽訂JIS MARK使用契約之事項及業者之業務內容或品質管理體制等有變更時，就必須向登錄認證機關提出變更申請手續。此與一般常見之系統認證(例:ISO9001/TS16949)不同!未能依規定適時提出變更申請也是通過JIS MARK標示制度認證業者常見之疏失!
變更申請及相關資訊查詢：
當業者有變更申請需求時，應先依各登錄認證機關規定之變更申請表填寫變更前與變更後之內容，並附上相關文件資料提出變更申請(各認證機關之變更申請表格式不同)。認證機關會依據變更申請事項之內容先進行初步判定:是否依所提供之書面資料審查即可或須進一步再安排實地工廠審查。變更申請之工廠審查內容與時機也可以安排在定期審查時合併實施，必要時可與登錄認證機關商談。
相關之變更申請規定及注意事項等資訊，除了在各登錄認證機關網站可查詢外、也可以參考下列網站：
a.日本工業標準調查會(JISC)網站http://www.jisc.go.jp
b.JIS登錄認證機關協議會網站http://www.jsa.or.jp
常見須提出變更申請事項:
通常當有下列任何一項情況發生時，就必須向登錄認證機關提出變更申請：
一. 認證業者名稱改變時：
1.包括與總公司資本有關之組織內部或與外部資本合併、整合時產生新組織名稱時(企業組織型態改變):當與JIS MARK認證相關之事業的全部或部分讓渡或因合併等因素造成繼承之事業名稱有改變，且在可以確認a.認證相關工廠或事業場所之所在地相同及b.品質管理體制並無變更的情況下，可以同意繼承認證資格。認證業者除了填寫變更申請表外，通常仍需提出合併等相關公開發佈之資料，待認證機關審查確認OK後，再辦理JIS MARK認證使用契約、標示相關管理事項及重新發行認證證書等。
2.在組織內部因廣宣或更容易辨識之簡略商號名稱有改變時(企業組織型態未變): 認證業者於提出變更申請時，一併附上名稱變更等相關公開發佈之資料即可，待認證機關審查確認聯絡後，即可辦理JIS MARK認證使用契約、標示相關管理事項及重新發行認證證書等。
二.認證相關之製造工廠名稱或地址改變時：
1.取得JIS MARK認證之製品的製造工廠名稱有改變時，基本上其變更申請手續與上述一.之2.相同。
2.取得JIS MARK認證之製品的製造工廠地址因鄉鎮市合併因素，造成地址改變時(實際所在地點並無變動)，認證業者於提出變更申請時附上相關資料，待認證機關審查確認聯絡後，即可辦理JIS MARK認證使用契約、標示相關管理事項及重新發行認證證書等。
3.取得JIS MARK認證之製品的製造工廠搬遷時，基本上視同新申請業者須重新申請認證審查，但是若能確認搬遷後之製造工廠的品質管理體制無改變且主要製造設備及試驗設備也無改變時，其生產實績期間的認定可以縮短，通常可採用舊廠生產實績5個月及搬遷後新廠生產實績1個月的方式認定。此種狀況，最好事前先與認證審查機關商談或最慢應於搬遷前三個月提出重新認證審查申請。
三.品質管理責任者異動替換時：
由於認證審查機關對於業者內部具有須維持JIS MARK認證業務職責之品質管理責任者係採用登錄確認方式，所以當品質管理責任者有異動換人時，須事前提出變更申請，且須同時提出新任人選滿足品質管理責任者資格條件(請參考JIS MARK省令第2條第1項所規定之實務經驗及標準化與品質管理相關知識)之證明文件及相關研修記錄。必要時，認證審查機關也會對新任品質管理責任者進行測驗(含筆試及口試)，當業者之組職內部有人事異動時須特別留意!
四.與認證相關之品質管理體制改變時：
當業者於初次JIS MARK認證申請時所提出之『品質管理實施狀況說明書』內容有改變調整時，就須事前向認證審查機關提出變更申請，同時須提出相關內部之修訂文件等證明資料。
『品質管理實施狀況說明書』內容的改變調整包括：
1.認證製品於製造或加工時所使用之主要資材
2.認證製品於製造或加工時所使用之主要製造加工設備
3.認證製品於製造或加工時所使用之主要檢查‧試驗設備
4.認證製品於製造或加工時所使用之主要檢查‧試驗方法
5.品質管理系統
認證審查機關將會針對欲變更之事項內容進行審查其適確性。輕微的改變事項，通常僅進行變更申請之文件書面審查即可，若對於認證製品之製造技術或製品品質、試驗方法有疑慮時，也有可能要求須進行工廠審查或實施製品試驗。
五.認證製品追加或規格變更時：
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◎:必須實施 ○:原則實施 △:必要時實施
原則上，於認證後對於認證製品的追加或規格變更時依上表實施。
六.認證製品相關之製造工廠全部廢除或部分廢除時：
1.原則上當認證製品之製造工廠全部廢除(複數工廠認證)或單一認證工廠廢除時，就須解除JIS MARK認證契約，業者仍須依規定先提除變更申請書，經認證審查機關確認後，除了會寄出『解除JIS MARK認證契約通知書』外，也會要求業者寄還JIS MARK認證證書!
2.當認證製品之製造工廠有部分廢除時，其認定方式等同認證範圍縮小，將依實際狀況評估後確認是否須進行工廠審查。
已經通過JIS MARK認證審查之業者都會認真保存並表框JIS MARK認證證書，但往往疏忽應閱讀了解認證契約內容，若能確實遵守契約規定，適時提出變更申請，將可避免於定期審查時被審查員指出缺失、免除困擾!
參考資料：JISマーク表示制度に関するブロックセミナー