我國的經濟建設以工業為基石，而工業又以製造業為主體，台灣製造業發展的層面廣泛，以傳統的產業為起始，以高科技、知識經濟產業為依歸。然而伴隨經濟之成長與產業提升，相對的生產成本亦隨之增加，產業面臨高科技、高速度、高成本的衝擊，致使傳統產業受到更多的挑戰。許多工廠為降低成本以及規避法令之管理，將工廠設立在低成本之（非）都市土地的農牧用地上，造成未登記工廠四處林立，形成開發管理之困難與妨礙整體區域發展之窘境。
未登記工廠存在已久，過去接受輔導或補辦登記業者大部分皆為遭受他人檢舉而補辦之工廠，各縣市政府較少舉行相關普查僅少數縣市有經費進行普查，所以對未登記工廠的掌握度不足，如果縣市政府若能事先溝通及工作推動過程中持續協調並結合縣市產業發展推動，將有助於本案績效提升與執行。另法規研擬需要跨部會的整合及協調，其中本案更牽涉多個不同部會，包括農委會、內政部、環保署…等等，如何在短期內達成多方共識，擬定相關子法，也是本案另一個高度挑戰。工廠管理輔導法於90年3月14日公布施行後，歷經多年之施行經驗，發現若干值得檢討之處，另為配合工廠登記網路化、無紙化之電子化政府政策，簡化行政作業，並落實地方自治，強化工廠安全管理，以預防及降低重大工安事故之衝擊，以妥適處理未登記工廠，因此擬具「工廠管理輔導法」修正草案，草案經立法院三讀通過，並於99年6月2日經總統公布。
本次工廠管理輔導法修正重點包括簡化行政作業、強化工廠安全管理、降低重大工安事故之衝擊，並同時增、修訂授權中央主管機關就工廠條件研擬標準、許可工廠設立或核准登記時附加負擔之辦法、強制既有工廠減量生產或停止生產之補償辦法、未登記工廠之輔導措施、特定區之劃定及公告、低污染事業認定基準、補辦臨時工廠登記之程序、變更之限制、回饋金繳交等施行細則及相關事項等訂定辦法。依據修正條文第33條規定為輔導未登記工廠合法經營，中央主管機關應會商有關機關擬定相關措施辦理之；輔導期間自本法修正施行之日起七年。於前項輔導期間屆滿前，特定地區內之未登記工廠，不適用第30條第1款、區域計畫法第21條第1 項、都市計畫法第七十九條有關違反土地或建築物之使用及建築法第86 條第1款、第91條第1項第1款處罰之規定，前項特定地區之範圍，由中央主管機關會商有關機關公告之。另修工廠管理輔導法第34條規定，中華民國97年3月14日前既有低污染之未登記工廠，其符合環境保護、消防、水利、水土保持等法律規定者，得於本法修正施行後2年內，向地方主管機關繳交登記回饋金，申請補辦臨時工廠登記，不受第15條第2款、第3款規定之限制。經補辦臨時登記之工廠，於臨時工廠登記失效前，不適用區域計畫法第21條第1項、都市計畫法第79條有關違反土地或建築物之使用及建築法第86條第1款、第91條第1項第1款處罰之規定。補辦臨時工廠登記辦法業於99.10.26發布施行，須持續廣宣及輔導未登記工廠儘速合法，並蒐整各界意見研析相關子法，期使工廠管理輔導更具成效，促進經濟發展，提高就業機會，創造政府及人民雙贏。
截至目前為止，依據經濟部工業局的預估，全國各地區合法登記工廠有8萬多家，未依工廠管理輔導法合法登記工廠有6.4 萬家，年產值估達1.2 兆元，估計就業人數高達40餘萬人，為輔導這些工廠合法化後加速發展，以創造更多就業人口，經濟部特擬定相關輔導宣導計畫，希望輔導現有未登記工廠儘速合法化，促進經濟發展以提高就業機會，並帶來政府與人民雙贏機會。
截至目前為止，已登記的廠商不乏製品品質已達國際水準，或是知名企業的衛星工廠，對台灣的經濟發展有一定的貢獻，但因未在工業用地，長期以來只能扮演地下經濟的角色，台灣仍有七千多家的工廠，因不符合土地使用管制規則、建築物使用管理制度或是環境保護評估制度，無法完成工廠登記，而淪為未登記工廠。但也因這些未登記工廠所能夠提供的就業機會，除減輕了不少中低家庭生計的負擔外，也是各縣市地方政府的重要財源之一，因為這些未登記工廠仍領有營利事業登記證而繳納之營業稅、貨物稅等已成為地方稅收的重要來源。未登記工廠之存在，其營運生產創造經濟效益及提供就業機會，有其正面貢獻。
為了更了解未登記工廠補辦登記遇到的困難與原因，透過問卷調查1194家未登記工廠調查說明如下:
（一）工廠無法辦理合法登記的原因
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圖1. 工廠無法辦理合法登記的原因
根據分析可以得知，該些工廠未能登記之原因除了地目不符占83%最多，其次消防、工安及其他相關問題，故我們將持續透過顧問輔導以及相關方式協助工廠解決工安以及消防等問題，並協助這些工廠進行補辦登記。
（二）您所服務的工廠，已經營業多久?
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圖2. 您所服務的工廠，已經營業多久
根據分析可以得知，4年以上占81%，多數工廠都已經經營4年以上符合補辦登記的資格，以利後續政府推動相關法令時可以配合。
（三）政府現在補辦登記，對您有幫助嗎？
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圖3. 政府現在補辦登記，對您有幫助嗎？
根據分析可以得知，超過65%的未登記工廠大多數廠商認為政府現在政府補辦登記對於他們是有幫助的，我們應盡速協助辦理登記。
透過調查的結果了解，補辦登記對廠商是有幫助的，但經過調查大部分不補辦的原因為:1.消防成本過高，2.合法期限僅有5年合法誘因不足，3.補辦的過程遇到補辦程序不了解等問題..。
建議解決作法:
鑑於未登記工廠輔導管理推動小組不定期就工廠管理輔導法及相關子法為檢討與協助未登記工廠遭遇問題加以討論，為有效推動未登記工廠之輔導，檢討方向應參考99年度到100年未登記工廠輔導合法化宣導說明會中所蒐集之意見，其中最為各界所關注者，除土地合法化外，即補辦臨時工廠登記之必要性。為解決各界疑慮，使未登記工廠願意配合補辦臨時工廠登記，工業局應強化辦理工廠登記之誘因，其方式如下：
一、簡化行政程序
工廠管理輔導法自99年6月2日修正公布施行以來，依第34條第3項訂定之未登記工廠補辦臨時工廠登記辦法亦於同年10月26日發布施行，其中未登記工廠應於101年6月2日前向地方主管機關申請補辦臨時工廠登記，且臨時工廠登記有5年之時效。然臨時工廠登記畢竟與合法登記工廠在權利義務上有所不同，為鼓勵未登記工廠儘早完成補辦臨時工廠登記，以爭取緩衝時間去轉換合法經營空間，補辦臨時工廠登記之程序宜簡化。
二、減少民眾負擔
未登記工廠補辦工廠登記辦法為考量未登記工廠之申請成本與地方主管機關行政效率，將補辦臨時工廠登記之申請及審查程序分為兩階段，第一階段主要在審查文件，即是否符合97年3月14日前既有低污染之未登記工廠，初步篩選不符要件或顯然無法核准補辦登記之未登記工廠；第二階段主要在審查是否符合環保、消防、水利、水土保持等法律規定以及工廠管理輔導法第十五條規定應取得之文件。分兩階段審查可以使民眾評估應投入之成本有多少，並減少民眾之負擔。往後修法檢討方向，應多以民間廠商角度思量，相關申請程序宜透明、公開、公平及客觀，其目標在達到簡單及便利。
三、避免增加行政人員責任
補辦臨時工廠登記之第二階段審查涉及環境保護、消防、水利及水土保持等改善或取得相關核可，所需時間不定，故對於申請人何時提出第二階段文件不作時間限制。如一旦提出後須兼顧行政效能，避免案件累積，如有不符規定者，容許地方主管機關有通知限期補正及駁回之權限，以避免增加行政人員責任。
四、部分權益比照合法工廠登記業者增加補辦誘因
為提高未登記工廠改善設廠環境辦理工廠登記之誘因，如比照合法工廠登記業者參與政府採購業務之資格、得申請進用外籍勞工、協助廠商爭取政府相關補助轉型等等。
五、建立輔導機制
協助未登記工廠廠商解決補登中所產生的行政問題建立輔導機制，協助解決民眾在申辦過程所產生的問題，並派遣消防、水土保持、環保、土地等專業輔導顧問，提供各專業知識幫助廠商取得各相關核准文件，以及降低成本負擔。
六、中央應與縣市產業發展方向整合
每縣市政府因地方產業發展與土地規劃使用用途不同，如果可以就地方產業發展的策略相結合，未登記工廠未來可以朝向縣市發展的藍圖一起邁進，則對於產業與區域群聚產業的發展是有相當的幫助例如彰化水五金產業群聚發展等，縣市產業發展需求為出發點補辦效益大並縣市也願意投入資源整合。
最後應加以思考的部分，台灣的產業外移的嚴重，許多未登記工廠已發展成為小型群聚供應鏈，未登記工廠雖不合法，但是也攸關台灣的經濟，雖然相較合法工廠投入的成本低與社會觀感不佳，但是若可以透過此輔導機制，將未登記工廠納入管理，減少公安事件的發生，透過輔導讓未登記工廠有競爭力後可以轉入合法經營，並可以加以輔導成為有競爭力的產業群聚發展，也是目前政府應重視與刻不容緩的事。