阿米巴經營法是從組織細分成由五至十人所組成的小型集團（變形蟲）開始的，變形蟲小組的組成，既是阿米巴經營法的開始，也是結束。引進阿米巴經營法之際，先將企業的組織劃分成賺取利潤的獲利部門，以及以間接部門為中心的成本中心下的非獲利部門兩大類。變形蟲小組是由獲利部門細分而成，非獲利部門的成本則由獲利部門的變形蟲小組來分攤。
組成變形蟲小組的是與收益有直接關係的獲利部門－營業部門及製造部門，變形蟲小組的分隔方式，也滿足下列的三項條件為根本。
第一項條件是，為了讓分割出來的變形蟲小組得以獨立計算損益，「不僅要有明確的收入，賺取收入所需的費用也要能夠計算出來」。阿米巴經營的根基之一，就是各部門的獨立核算制度。如果沒有任何收入，就無法實施獨立核算來經營組織，因此，分割組織時，這單位有無收入乃是關鍵所在；第二項條件是「作為最小單位的變形蟲小組，必須是商務結構完整的單位」，第三項條件則是「組織的安排要能夠達成公司整體的目的與方針」。
一般而論，製造業者大多是按產品和作業工程內容性質的不同來分割，由於變形蟲小組需要做收支管理，若分割得過細，管理容易繁瑣，但若是分割過大，收入又難以掌握清楚，既因如此，在規劃變形蟲小組的組成時，此部分的判斷就尤為重要。假如企業組織的現況無法滿足上述的三項條件，可藉引進阿米巴經營的機會，進行組織的改編，例如，日航透過引進阿米巴經營進行再生。
對阿米巴經營方式來論，其中，收入的計算方式是一大重點，讓變形蟲小組負有「收入」及「支出」的責任，一般的製造業者，將產品販售給顧客後，所得的收入是計入營業部門，不過，若是這麼做，製造部門就只是成本中心罷了。製造部門若具有獲利觀念，懂得善用創意技巧來創造利潤，業績就會有所改善，製造部門每天致力於提升生產力與削減成本，而營業部門則得努力爭取訂單，才不會讓製造部門增加的生產力白白浪費。
阿米巴經營的觀點在於製造現場是按市價做調整，以市價為前提，製造現場一面與業務代表密切聯繫，找出能夠相對應實行的辦法，再來，若是市價下滑，為了確保獲利，將著重於成本的削減或生產力的提升，若是預估無利潤，就該檢討撤退的方針，若是採行阿米巴經營這樣的作法，將可避免沒有即時察覺產品出現虧損，直到決算時才發現的錯誤。
產品的價格是由顧客端決定的，因顧客若不買單，就無下一步的販售行為，因此，應該考量顧客願意購買的市價來考量，思考能確保獲利的製造方式，相反的，有很多企業認為產品賣不出去就任意削減價格，這也是錯誤的做法，稻盛和夫先生主張的阿米巴經營是認為「決定價格時，能夠讓顧客開心，賣方也滿意的點只有一個，」而這個點在哪？決定權在經營者手上，經營者必須傾聽製造或營業等部門的意見，再做出決策，這便是「定價就是經營」的主張，在阿米巴經營的觀念下，營業部門與製造部門為命運共同體。
阿米巴經營也相對適用於服務業，服務業有有獲利部門，需要各類部門的協助，賺取營業額，只要將這部分視為一段買賣的過程，便能跟製造業一樣，建立起公司內部買賣的機制。在阿米巴經營的體系下，各變形蟲小組的營業額及獲利的總額，便是該公司整體的營業額及獲利，各變形蟲小組每天都會收到收支概算表，因此，到了下半月，組長便可知道月初所擬定的預定計畫有無順利進行。
換而言之，施行阿米巴經營，可即時將經營數字通報現場，要是進行不順利，組長就會召集所有成員思考提升獲利的方法並付諸行動，例如，提升獲利的方法為以下三點：增加營業額、削減成本、提升每小時生產力，而組長就會帶領成員從這三方向著手，隨著經年累月的累積，也可藉此培育出經營人才，而在經營人才方面，阿米巴經營十分重視包含經營者在內的領導人應有姿態，單只有業績好是不夠的，身為人的作為是否受人尊敬?是否確實理解公司做為行動規範的哲學理念並加以實踐，這些都是選擇領導人時判斷的依據。
綜合以上所述，阿米巴經營的觀念為「全員創利」，主張企業是藉由全體員工的投入，眾人齊心協力，強調全體員工皆參與經營管理的做法，和成果主義採取業績成長，薪水也跟著大幅提升，反之員工則被淘汰的作法不同。
【參考資料】
- 全員創立，再生日本航空（JAL）的阿米巴經營教科書，森田直行，天下雜誌股份有限公司，2017.01